Casi como apareció en Primera se fue, con apenas un puñado de partidos en el plantel principal de Danubio y la participación en el Sudamericano sub 20 de 2011 (dirigido por Juan Verzeri). Groningen fue el destino de Matías Jones, siguiendo la huella de Luis Suárez, pero no logró afirmarse, y tras un par de temporadas con muy pocos partidos y tan solo un gol, fue cedido a Emmen, de la Segunda División holandesa, a comienzos de 2013.
 
El mediapunta de 22 años vuelve de esta forma a nuestro país al rival del club que lo vio nacer, buscando la continuidad que no tuvo en Europa y ser una solución ofensiva en el esquema del DT violeta Tabaré Silva.
 
Luego de la caída de las negociaciones con Miguel Puglia (arregló con Liverpool) y César Faletti (emigró al fútbol italiano), Defensor encuentra en Jones al delantero por afuera que su DT necesitaba. La llegada de Jones se suma al regreso de Federico Puppo, y los retornos de los juveniles Bruno Foliados y Gabriel Fernández.