La disputa de campeonatos cortos en sistema Apertura y Clausura comenzó en 1994, en plena racha positiva de los carboneros. A pesar de ese gran momento que gozaba el equipo de Peñarol, en 1996 tuvo un bajón durante el Torneo Clausura.

El equipo que había logrado ganar el Apertura, un punto por encima de Nacional, terminó el segundo campeonato del año sexto sumando solamente 15 puntos en 11 fechas. Esto no detuvo la seguidilla de títulos uruguayos del equipo mirasol, que tras ese campeonato despachó en dos finales a los tricolores y sumó su cuarto Campeonato Uruguayo consecutivo.

Hacia 2004 Peñarol tuvo una otra mala campaña durante el Torneo Apertura. Por tercer año se disputaba un Clasificatorio, en el cual se decidiría quién jugaría por el título y quién por no descender.

El equipo carbonero entró entre los primeros diez, pero bastante lejos de lo que era la lucha por el título. En el Apertura sumó en diez partidos solamente 14 puntos, mientras que para el siguiente campeonato le iría algo mejor cosechando 16 puntos.

El equipo, en ese momento dirigido por Fernando Morena, finalizaría el año con una sonrisa al lograr la Liguilla y la clasificación a la Libertadores, tras vencer a Defensor en las finales de ese torneo.

Finalizado ese año se decidió cambiar la forma de disputa, dejando de lado el calendario tradicional de enero a diciembre para jugarse como se acostumbra en Europa. Tras el Uruguayo Especial, sin buenos resultados, el auurinegro entró en la peor temporada de su historia, la 2005/06.

En el Apertura sumó 25 puntos en 17 fechas, finalizando en séptima posición, mientras que en el Clausura quedó en la última posición con solamente siete puntos.

El equipo comenzó siendo dirigido por Luis Garisto y luego por Mario Saralegui; sufrió la quita de 12 puntos y hubiera sumado 19 de no ser por los lamentables incidentes que terminaron con la muerte de un hincha de Cerro. A pesar de la quita de puntos, el promedio es uno de los más bajos en su historia desde que se disputan los campeonatos de esta forma.

En ese equipo de Peñarol se destacaban Omar Pouso, Serafín García y Maximiliano Bajter. En la fecha 16 sufrió la goleada histórica de 5 - 1 frente a Wanderers, con tres goles de Alberti para los bohemios. Es recordado el clásico de ese campeonato, los carboneros lograron sacar un empate festejado en su momento.

De la mano de Gregorio Pérez, Peñarol recobró la estabilidad aunque no alcanzó a ser campeón uruguayo, tras caer en ambos torneos cortos frente a Danubio. Finalizada la temporada y en una polémica decisión, los dirigentes carboneros decidieron cesar a Gregorio y traer al técnico campeón, Gustavo Matosas.

Con la llegada de muchos jugadores nuevos, entre los que se recuerdan los bajos rendimientos de Valentierra y Fabio Moreno, Peñarol no despegó. En el Apertura logró solamente 17 puntos en 15 fechas, finalizando en la 11ª posición.

La de Matosas sería una de las peores campañas del club en la historia de los campeonatos cortos, mejorando por poco la del Clausura 2006. Hay que tener en cuenta que en este torneo de 2007/08, Peñarol vivió una situación de gran presión para lograr ser campeón, pese a no haber sufrido ni la desmoralizante quita de 12 puntos ni una situación institucional tan inestable como ocurrió en anteriores campañas.

En la tercera fecha de ese campeonato el equipo mirasol cayó 6 - 3 frente a River Plate, partido en el que el hoy tricolor Richard Porta se llevó la pelota tras anotar un hattrick. A pesar de los malos resultados, Gustavo Matosas continuó al frente del equipo hasta el Clausura, campeonato que no finalizó ya que fue cesado y sustituido por Mario Saralegui.

En el actual campeonato, finalizadas diez fechas, los mirasoles suman solamente nueve puntos, en la que sería otra de las peores campañas de la historia. Restando solamente cinco partidos, el equipo carbonero deberá sumar un mínimo de tres victorias, no solo para no quedar con uno de los peores promedios de la historia, sino para recobrar la confianza y lograr estabilidad de cara a la segunda mitad de la temporada.

Números en cancha

Clausura 1996 15 de 33 (promedio 45%)

Apertura 2004 12 puntos de 27 (promedio 44%)

Clausura 2006 19 puntos de 51 (promedio 37%)*

Apertura 2007 17 puntos de 45 (promedio 37%)

Apertura 2013 9 puntos de 30 (promedio 30%)

*no se toma en cuenta la quita de puntos